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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  38 lines
  1. ***********************************
  2. * Ribosomal protein S3 signatures *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein S3  is one of the proteins from the small ribosomal subunit.
  6. In  Escherichia coli,  S3 is  known to be involved in the binding of initiator
  7. Met-tRNA. It  belongs to a family of ribosomal proteins which, on the basis of
  8. sequence similarities [1], groups:
  9.  
  10.  - Eubacterial S3.
  11.  - Archaebacterial S3.
  12.  - Algal and plant chloroplast S3.
  13.  - Plant mitochondrial S3.
  14.  - Cyanelle S3.
  15.  
  16. S3 is  a  protein of 209 to 559 amino-acid residues. As signature patterns, we
  17. selected two   conserved regions. One is located in the N-terminal section and
  18. the other in the C-terminal section.
  19.  
  20. -Consensus pattern: [LIVMF]-[RE]-x-G-x(2)-[KRQ]-x(3)-[DNS]-x(2)-[FYW]-[SAV]-
  21.                     [NQDE]
  22. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  23.  for plant mitochondrial S3.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: two carp gamma crystallins.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [GR]-R-[LIVM]-x-G-x-E-[LIVM]-A-[KR]-[LIVMSTA]-E
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  28.  for archaebacterial S3.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Expert(s) to contact by email: Hallick R.B.
  32.                                 hallick@arizona.edu
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Text revised.
  35.  
  36. [ 1] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K.
  37.      Protein Seq. Data Anal. 5:285-300(1993).
  38.